Мессенджер сейчас считается безопасным, многие шопы его используют.
С другой стороны, некоторые шопы считают его красным. Но в пруфах я не разбирался, так что однозначно сказать нельзя.
Сам протокол matrix - можно назвать безопасным. Но если Вы, как и большинство пользователей выбираете официальный сервер matrix.org - то вполне вероятно, что ваша переписка может быть скомпроментирована.